Embrio peran Kementerian Agama di Kota Batu pada mulanya melekat dengan sebuah instansi yang mempunyai kesamaan tugas dan fungsi dengan Kantor Urusan Agama tingkat Kecamatan saat ini. Berdasarkan data yang tercatat di KUA Kecamatan Batu, pelaksanaan tugas dan fungsi yang serupa dengan KUA tersebut telah dimulai sejak tahun 1915. Pada masa itu, peristiwa nikah yang terjadi di Kecamatan Batu (wilayah yang akan menjadi Kota Batu pada tahun 2002) sejak tahun 1915 tercatat dengan tulisan arab, namun sejak tahun 1916 sudah tertulis dengan tulisan melayu (Indonesia). Semua register nikah tersebut tersimpan dengan rapi di KUA kecamatan Batu. Dan hingga sekarang (2016) seluruh dokumen register nikah tersebut masih lengkap. Artinya sudah 100 tahun lebih usia dari fungsi Kementerian Agama di Kota Batu yang telah tercatat dengan sahih. Ini pula lah yang menjadi keistimewaan dari Kementerian Agama Kota Batu secara khusus maupun Kementerian Agama pada umumnya yang telah menjalankan fungsinya melayani masyarakat yang membutuhkan, dengan sejarah yang lebih tua dari kemerdekaan negara Indonesia sendiri.

Setelah proses kemerdekaan Negara Indonesia, dibentuklah Kecamatan Batu yang ada dalam wilayah Kabupaten Malang. Pada masa tersebut KUA di Kecamatan Batu terdiri dari 2 (dua) KUA, yaitu KUA Kec. Batu sendiri dan KUA perwakilan Punten yang berkedudukan di desa Punten. Setelah tanggal 31 Maret 1976, KUA perwakilan Punten dihapus dan digabung dengan KUA Kec. Batu, sejak saat itulah semua arsip KUA perwakilan Punten dipindahkan ke KUA kec. Batu dan semua pencatatan Nikah dialihkan ke KUA Kec. Batu dan berada dalam lingkungan Kantor Departemen Agama Kabupaten Malang.

Menindaklanjuti Peraturan Pemerintah Nomor 12 tahun 1997 tentang Pembentukan Kota Administratif Kota Batu, dalam wilayah Kabupaten Malang terjadi pemekaran wilayah dari Kecamatan Batu, yang semula hanya 1 Kecamatan Batu, maka dibagi menjadi 3 Kecamatan yang meliputi wilayah Kecamatan Batu, Kecamatan Bumiaji dan Kecamatan Junrejo. Maka untuk menindaklanjuti hal tersebut pada tanggal  1 Oktober 1998 KUA Batu yang berada dalam wilayah tugas Kantor Departemen Agama Kota Batu juga melakukan pemekaran menjadi tiga KUA, yaitu KUA Batu, KUA Bumiaji dan KUA Junrejo

Dengan terbitnya Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 373 Tahun 2002, maka secara de jure ada aturan tentang pembentukan Kantor Departemen Agama Kota Batu sebagai instansi vertikal Kementerian Agama yang mempunyai tugas melaksanakan tugas dan fungsi Kementerian Agama di Kota Batu, yang secara wilayah lepas dari Kantor Departemen Agama Kabupaten Malang. Kantor Kementerian Agama Kota Batu secara resmi (de facto) didirikan pada tahun 2003 di Kota Batu dengan berdasarkan KMA Nomor 373 Tahun 2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi dan Kantor Departemen Agama Kabupaten/Kota. Walaupun secara de facto telah dibentuk Kantor Departemen Agama Kota Batu dengan tidak mempunyai gedung tersendiri, dikarenakan hal tersebut maka Kantor Departemen Agama Kota Batu berkedudukan di Jl. Agus Salim Kota Batu dengan menempati gedung yang digunakan oleh KUA Kecamatan Batu, sehingga pada awal pembentukannya Kantor Departemen Agama Kota Batu masih menjadi satu dengan KUA Kecamatan Batu. Seiring dengan kelengkapan sarana dan prasarana yang telah didapatkan, maka pada tahun 2004 Kantor Departemen Agama Kota Batu menempati gedung baru di Jl. Sultan Agung 7 Kota Batu dengan luas tanah 1.100 m2 dan luas bangunan 540 M2. Pada tanggal 28 Januari 2010, berdasarkan Peraturan Menteri Agama (PMA) Nomor 1 Tahun 2010, terjadi perubahan penyebutan Departemen Agama menjadi Kementerian Agama sehingga penyebutan nomenklatur Kantor Departemen Agama Kota Batu berubah menjadi Kantor Kementerian Agama Kota Batu. Selanjutnya terjadi perubahan struktur organisasi di Kantor Kementerian Agama Kota Batu dengan diundangkannya Peraturan Menteri Agama (PMA) nomor 13 tahun 2012, pada tanggal 24 Agustus 2012.

Adapun semenjak pertama kali Kantor Kementerian Agama Kota Batu pada Tahun 2004, telah terjadi 6 kali suksesi Kepala Kantor, dengan personel sebagai berikut :